短程蒸餾器對于進行分子蒸餾相當的合適，分子流從加熱面直接到冷凝器表面。分子蒸餾有如下四個過程：

　　分子從液相主體往蒸發(fā)表面擴散

　　一般，液相中的擴散速度為對分子蒸餾速度進行控制的主要因素，因此應當盡可能對液層厚度進行減薄以及對液層的流動進行強化。

　　分子在液層表面上的自由蒸發(fā)

　　隨著溫度的升高，蒸發(fā)速度不斷上升，然而隨著溫度的升高，分離因素有時會降低，因此必須以被加工物質的熱穩(wěn)定性作為前提，對經濟合理的蒸餾溫度進行選擇。

　　分子從蒸發(fā)表面向冷凝面飛射

　　蒸氣分子由蒸發(fā)面往冷凝面飛射的過程中，可能會彼此相互碰撞，也與在兩面之間殘存的空氣分子發(fā)生碰撞的可能性。因為蒸發(fā)分子要遠遠比空氣分子重，并且大部分運動方向相一致，因此，它們自身碰撞不會對飛射方向和蒸發(fā)速度產生較大的影響。然而殘氣分子雜亂無章的熱運動狀態(tài)在兩面間呈現(xiàn)，所以對飛射方向和蒸發(fā)速度產生影響的主要因素為殘氣分子數目的多少。

　　分子在冷凝面上冷凝

　　僅需使冷熱兩面間的溫度差充足(通常在70-100攝氏度范圍內)，冷凝表面的形式合理并且光滑，那么就被認為能夠瞬間完成冷凝步，因此至關重要的是對合理冷凝器的形式的選擇。